https://bane-dysta.github.io/A minimal, responsive and feature-rich Jekyll theme for technical writing. 2026-04-16T00:15:55+08:00 Bane Dysta https://bane-dysta.github.io/ Jekyll © 2026 Bane Dysta /assets/img/favicons/favicon.ico /assets/img/favicons/favicon-96x96.png 2026-03-18T12:00:00+08:00 2026-03-18T15:09:00+08:00 https://bane-dysta.github.io/posts/60/ Bane Dysta

去年在量子化学公众号上看到了一种用Gaussian 16中的GIC功能实现同时扫描多个坐标的方法，当时没需求就收藏起来了。今天有个水传质子的过渡态猜测是协同的，想到了这个方法，于是研究了一下。 原理 假设需要计算一个乙烯与水的加成反应，需要扫描C4-O7’与C1-H9’同时缩短。 则定义冗余内坐标： RC4O7=R(4,7) RC1H9=R(1,9) 初始结构是随便摆的，RC4O7=1.996，RC1H9=1.775。假设平衡键长C-O为1.43，C-H平衡键长1.07，要扫描5步，则步长ΔRC4O7=−0.1132，ΔRC1H9=−0.1410。据此，列出扫描变量： step RC4O7 RC1H9 0 1.9960 1.7750 ...

2026-03-09T12:00:00+08:00 2026-04-05T02:35:48+08:00 https://bane-dysta.github.io/posts/59/ Bane Dysta

存点自用配置 gview风格配色 vmd可以按照如下格式自定义颜色，第四列是颜色ID，后面三列应该是RGB值/255 color change rgb 101 0.8000 0.8000 0.8000 color change rgb 102 0.8471 1.0000 1.0000 color change rgb 103 0.8000 0.4863 1.0000 color change rgb 104 0.8000 1.0000 0.0000 color change rgb 105 1.0000 0.7098 0.7098 也可以给元素设置颜色 color Element H white color Element He 102 color Element Li 103 color Element Be 104 看到sobereva老师给了gview配色的t...

2026-01-29T12:00:00+08:00 2026-02-15T21:02:26+08:00 https://bane-dysta.github.io/posts/58/ Bane Dysta

态跟踪原理笔者在SDNTO中提过，参考了J. Comput. Chem. 2019, 40, 1420–1428。利用这个原理，可以对一条轨迹进行透热势能面跟踪，这对于追踪CT态与LE态的交叉十分有用。本文记录利用baneSNTO程序进行透热态跟踪的流程，选择的模型是对硝基苯胺。 （硝基在Chemdoodle里不好画，总想自动补氢，这里干脆整成双键了） 结构准备 平平无奇的opt，获得FC点结构： # opt freq wB97XD/def2svp scrf 以及td opt，获得S1min结构： # opt TD freq wB97XD/def2svp scrf 对于轨迹，有两种办法生成。第一种是做插值。我们可以借用ORCA的NEB模块来获得插值点，输入文件： ...

2026-01-03T12:00:00+08:00 2026-02-15T16:21:26+08:00 https://bane-dysta.github.io/posts/57/ Bane Dysta

假期刷到初中的一个实验的视频，氯气和氢气在光照下化合。想起当时很不能理解明明室内开了灯，但是不能发生反应，非要镁条点一下才行。曾经问老师得到的解释是灯光强度不够，要Mg点燃的时候那个晃眼的强度才行。现在掌握的知识多了些，忽然有兴致随便算算玩玩。 首先分析一下。反应的关键是氯氯键需要被光打断，解离成氯自由基。这个过程涉及到氯气的激发和断键，应该是吸收到S1然后过MECI断键。既然涉及到吸收，那首先需要了解一下自然光的光谱。日常生活里，常见的光基本上有两种： i. LED电灯。为了避免紫外辐射对人眼和材料的伤害，商业LED灯通常会滤掉紫外成分。找了些发射光谱，看到它的发射大概在450-700 nm之间，其中450 nm有一个尖锐的峰，再往蓝走强度锐减，400 nm以前基本都没有了。 ii. 日光。取ASTM G-1731的数据，太阳光到达...

2025-12-08T12:00:00+08:00 2025-12-30T20:57:14+08:00 https://bane-dysta.github.io/posts/56/ Bane Dysta

记录一些origin偷懒小玩具 %Y：用户文件夹路径，可以把自己搓的小玩意放在这里，labtalk脚本里%Y调用 小玩具 raw_data 操作表格示例，把荧光仪测试的数据删掉前12行，第一列注释，第二列X，后续每隔两列删一列： import PyOrigin as po # 获取当前活动工作表 wks = po.ActiveLayer() # 获取工作表的列数 num_columns = wks.Cols # 将第一列设置为注释类型（通常用于忽略） wks.Columns(0).Type = po.COLTYPE_NONE # 将第二列设置为X列 wks.Columns(1).Type = po.COLTYPE_X # 计算要删除的列（从第4列开始，每隔两列删除一列） columns_to_delete = list(range(3, num_columns, 2...