组里新服务器的环境跟笔者之前白嫖的差别太大了，一时间有点不适应。如果完全复刻以前的计算模式显得太蠢，所以笔者打算利用手头的一些组件，搞一个纯windows完成计算的工作流出来。 主要记录inotify部分，其他部分都是长久积累出来的小工具😸 文件交流 这里显然要用SMB服务，把计算目录当本地文件一样操作，非常舒服，唯一的缺点是不能用wsl里的linux程序做后处理。 科学计算 提交计...

最近笔者组里新添了服务器。由于组里没人会玩，可以愉快地进行瞎搞😸 由于笔者先前已经用NAS爽过SMB服务，为了极致偷懒充分发挥局域网连接的优势，笔者决定给服务器也装上，这样就可以在本地操作计算文件，而不必ssh连过去，再下载到本地，再传回去了。 Linux端配置 安装SAMBA软件 笔者的服务器是Rocky8.10，使用dnf安装： sudo dnf install samba sam...

参考：Visualization of Aromaticity: AICD AICD 正版需要给Dr.Herges(rherges@oc.uni-kiel.de)写邮件索取。如英语不好，可以在[其它] AICD 3.0.4安装包分享下载AICD3.0.4。执行： tar xvf AICD-3.0.4.tbz cd AICD-3.0.4 make make输出类似于： (obabel) [...

wsl内单节点安装 参考：Ubuntu20.04单机安装slurm教程 笔者wsl的系统是ubuntu22.04，直接用apt进行安装： sudo apt install slurm-wlm slurm-wlm-doc 检查版本： (rdkitenv) root@user:~# slurmd --version slurm-wlm 21.08.5 (rdkitenv) root@user...

关于ΔSCF，引用一下sob老师在乱谈激发态的计算方法中的描述： ΔSCF：这不是某个具体计算激发态的理论方法，而只是一种结合HF/DFT计算激发态的技术。也就是通过调整初猜，将基态时占据轨道的一个电子挪到一个与之不可约表示不同的虚轨道上，于是经过SCF迭代，就会得到与原先对称性不同的电子态，即激发态。这种计算激发态的好处在于计算耗时和计算基态完全一样，故优化、计算频率很方便，而且考...

根据sob老师的博文衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算，计算芳香性的方法有很多种。笔者最近因为课题需要把大大小小的方法基本都实测了一遍，在此记录一下几个笔者发现的比较靠谱的方法。文中计算均以芴正离子为例。 一维NICS曲线 按照使用Multiwfn绘制一维NICS曲线并通过积分衡量芳香性操作： 25 //离域化和芳香性分析 13 //一维NICS扫描和积分 2 /...

笔者虽然写过一堆时尚小垃圾，还写了像模像样的README文档，但实际上笔者只是借Claude3.5狐假虎威，自己基本不会啥代码。所以，这篇Note是为我自己梳理docker的结构，以便于更好地作为甲方向Claude提要求用的，里面记录的东西对各位读者大能来说估计没什么用😸看个乐子吧。 Docker简介 Docker是一个开源的容器化平台，让开发者能够将应用程序及其依赖项打包到一个可移植的容...

因为python启动有点慢，有些非常常用又简单的小工具笔者实在想转成C++的，于是不得不学习如何编译这些库。 OpenBabel 官网给出的下载链接直通2.4.0源码，令人忍俊不禁。真正的源码要在github上搞到，目前的发行版是3.1.1，下载下来之后解压： tar -jxvf openbabel-3.1.1-source.tar.bz2 创建build文件夹，运行cmake： cd ...

由于ledock不能用于非蛋白质受体的对接，有时候还是要捡起来AutoDock的。笔者并没有人带，只好使用UI界面避免把参数搞错。 结构来源 在RCSB PDB或其他PDB数据库获取蛋白质数据。搜索时需要搜索全称，选择structure来找到想要的蛋白质的结构。下载蛋白质的PDB文件，使用PyMOL打开，检查是否有水和配体，进行移除： remove solvent remove orga...

新电脑不到半年，分了200个G的C盘又快炸了，下次得再给C盘多分点。用SpaceSniffer扫了一下，发现了几个罪魁祸首，记录一下清理过程备用。 Edge Edge有3gb的用户数据存在C盘的~\AppData\Local\Microsoft\Edge，一个浏览器存这么多玩意也不知道要搞什么。打算丢到D盘。 在D盘新建一个数据目录，如D:\UserData\EdgeData ...