利用molOCR截图识别文献中的结构
手动画结构画烦了,摸会鱼。笔者是个懒狗,信奉为了偷五分钟的懒值得花上半个小时去琢磨,于是就开始搜偷懒办法。发现某商业化软件有这个功能,但一是要登陆,二是芘事多,笔者不喜欢。随后又发现了一个开源项目,拉下来之后发现还挺好用的,于是拿来玩一玩。 项目地址:molOCR 部署后端 按照说明书,该项目需要修改版的chembl_beaker作为后端,所以先装这个。由于作者提供的部署方案是docke...
手动画结构画烦了,摸会鱼。笔者是个懒狗,信奉为了偷五分钟的懒值得花上半个小时去琢磨,于是就开始搜偷懒办法。发现某商业化软件有这个功能,但一是要登陆,二是芘事多,笔者不喜欢。随后又发现了一个开源项目,拉下来之后发现还挺好用的,于是拿来玩一玩。 项目地址:molOCR 部署后端 按照说明书,该项目需要修改版的chembl_beaker作为后端,所以先装这个。由于作者提供的部署方案是docke...
deepseek R1火了,而且开源,跟个风拉个本地模型玩玩。 本地部署大模型 开源大模型的获取途径其实挺多的,但为了方便,这里使用ollama来管理大模型。 大模型有一个比较重要的指标是参数数量,比如deepseek-r1就有1.5b、7b、8b、14b、32b、70b和671b这些版本的,b表示billion,671b就是6710亿参数,换算过来显存得4、500个gb才能跑动,本地部...
MECI点是光化学反应中关键的结构,然而S0与S1的CI点由于存在绝热近似失效的问题,难以使用TD-DFT来描述,常常用多参考方法来计算。 CASSCF (Gaussian) 搜索S0/S1交叉点时CAS选项需要写上nroot=2。使用opt=conical时将自动取态平均,因此末尾需要写权重。 %chk=cas.chk #p CAS(2,2,nroot=2)/cc-pvdz opt=con...
tips:荧光探针的机理很杂很碎,而错误解读又很多,难以分辨。本文记录一下笔者学习过程中对各种基本原理的总结,内容仅供参考,未必完全正确,会随笔者学习理解过程随时更新。如果读者发现任何地方与已有认识不符,不要怀疑,一定是笔者理解有误,请务必在评论区指出! 在PartA中,笔者引入了势能面来辅助理解Jablonski图。限于篇幅,笔者把从荧光机理过渡到荧光探针机理的部分放在了PartB。 ...
Gaussian gaussian只支持笛卡尔坐标系下的计算,此时若体系激发时存在基团旋转,算出的重组能会无比巨大,甚至远超激发能,顺带着也把Huang-Rhys因子弄得很大。输入文件: %oldchk=final.chk #p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht) initial=source=chk final=source=chk spec...
tips:荧光探针的机理很杂很碎,而错误解读又很多,难以分辨。本文记录一下笔者学习过程中对各种基本原理的总结,内容仅供参考,未必完全正确,会随笔者学习理解过程随时更新。如果读者发现任何地方与已有认识不符,不要怀疑,一定是笔者理解有误,请务必在评论区指出! 荧光过程可以用经典的Jablonski图来表示。简单来讲,基态分子可以吸收一个光子跃迁到激发态,随后通过快速内转换和振动弛豫回到第一激...
笔者是初学者,理解可能有误,以下内容请慎重相信。 1 Hartree-Fock方法 (HF) Hartree-Fock方法是一种多电子近似方法,核心思想是将复杂的多电子波函数转化为简单的单电子问题,并通过自洽场方法迭代求解波函数和能量。 a. 独立粒子近似 假设电子运动是独立的,即每个电子在其余电子生成的平均场中运动。这样多电子波函数可近似为由一组单电子波函数的线性组合构成,用Slater...
做多参考计算时,活性空间的确定是个麻烦的问题,涉及很多经验性的内容。MOKIT是一个辅助多参考计算的程序,可以通过gvb计算来自动确定活性空间,一定程度上解决了上述问题。 然而,笔者首先在安装时就遇到了问题。MOKIT做gvb计算默认调用GAMESS,做CASSCF计算默认调用pyscf,而这两个程序集群并没有提供,需要手动安装。尤其是GAMESS还要本地编译,这对集群老旧的系统来说就很麻烦...
Theoretical Methods xTB [GFN-FF] GFN2-xTB Bannwarth, C.; Ehlert, S.; Grimme, S. GFN2-xTB—An Accurate and Broadly Parametrized Self-Consistent...
长期以来,笔者一直算不准激发能,还常常遇到用B3LYP、PBE0等泛函算纯LE激发比实验值蓝100nm以上等幽默的问题。不过在探索怎么算准激发能的过程中,笔者也借机学会了一些以前一直不敢碰的计算级别。这里权且记录一下笔者试过的方法备用。 1. 几何优化 笔者通常没有实力拿到单晶去打XRD,因此几何建模一般都是从头搭的。这样就涉及到几何优化的问题了。虽说几何对计算等级不敏感,但一个不留神选了个...