不使用ssh连接到服务器进行科学计算的工作流设计

组里新服务器的环境跟笔者之前白嫖的差别太大了，一时间有点不适应。如果完全复刻以前的计算模式显得太蠢，所以笔者打算利用手头的一些组件，搞一个纯windows完成计算的工作流出来。

主要记录inotify部分，其他部分都是长久积累出来的小工具😸

文件交流

这里显然要用SMB服务，把计算目录当本地文件一样操作，非常舒服，唯一的缺点是不能用wsl里的linux程序做后处理。

科学计算

提交计算任务

笔者给tasker套件写过一个扫描目录里的输入并自动提交的脚本slurms.sh，附在tasker里了。由于目前服务器上装的是sge任务系统，要做一些修改。修改略。

触发计算

inotifywait可以监视目录下的文件变化，我们就使用这个软件监视特定的文件创建，来触发计算：

sudo dnf install inotify-tools

写一个脚本，监视计算目录：

#!/bin/bash

# 设置要监视的目录
WATCH_DIR="{SMB共享出去的目录}"

# 设置触发文件名
TRIGGER_FILE="trigger.txt"

# 设置要执行的脚本路径
TARGET_SCRIPT="{脚本目录}"

# 创建日志文件
LOG_FILE="/var/log/share_monitor.log"

echo "$(date): 开始监视共享文件夹 $WATCH_DIR" >> $LOG_FILE

# 使用inotifywait监控文件变化
inotifywait -m -e create --format "%f" "$WATCH_DIR" | while read FILE
do
    if [ "$FILE" = "$TRIGGER_FILE" ]; then
        echo "$(date): 检测到触发文件，执行脚本" >> $LOG_FILE
        
        # 执行目标脚本
        bash "$TARGET_SCRIPT"
        
        # 删除触发文件(可选)
        rm "$WATCH_DIR/$TRIGGER_FILE"
        
        echo "$(date): 脚本执行完毕，已删除触发文件" >> $LOG_FILE
    fi
done

这样，当trigger.txt生成时，inotifywait就会让该脚本执行预定的程序。笔者这里用的就是前述slurms.sh，扫描计算目录，并把任务交到作业调度系统里。

为了持续监控，创建一个systemd服务：

sudo vi /etc/systemd/system/share-monitor.service

编辑以下内容：

[Unit]
Description=Monitor Shared Folder Service
After=network.target smb.service

[Service]
Type=simple
ExecStart=/bin/bash {script}
Restart=always
User={user}
Group={user}

[Install]
WantedBy=multi-user.target

其中：

• {script}是刚刚的inotify监控脚本
• {user}是你的用户名

还可以放一个批处理脚本触发计算：

@echo off
echo Go to work you lazy system > Z:\trigger.txt

自动后处理

这个流程既然用到了slurms.sh，那就顺理成章地可以使用tasker，用taskfile规定后处理逻辑。