💡简介 Orbital Viewer是一个主要由JavaScript与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。 系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。 网络要求：可以本地运行，未来可...

在研究分子间弱相互作用时，单看一个总结合能往往不够。比如两个分子形成复合物，到底是静电作用占主导，还是色散作用占主导？哪些原子促进结合，哪些原子反而产生排斥？这些问题通常需要借助能量分解分析（energy decomposition analysis, EDA）回答。 常见的 SAPT、ALMO-EDA、sobEDA 等方法从电子结构计算出发，物理图像较完整，但计算量也明显高于普通的单点能...

笔者C盘比较紧张，一直因为MSVC吓人的存储空间占用没舍得装，用wsl里的mingw交叉编译凑合。昨天终于狠下心清理了一顿，装上之后真香了。打算编译个RDkit Windows版给以后开发用。 编译 下载源码 git clone https://github.com/rdkit/rdkit.git rdkit需要x64环境，如果MSVC默认进了x86的MSVC，会报一些乱七八糟的错。...

遇到了TPA计算的需求，稍微了解了一下发现好像不难算，只是没现成工具。这里记录一下摸索过程 双光子吸收截面 分两种，一种是垂直的，这个比较好做；还有一种是考虑FCHT，这个得计算激发态的优化然后做振动态求和。 垂直 首先要做态求和拿到二光子跃迁张量，Multiwfn可以做这一步（18-5-xx.log-3）。 然后基于导出的SOS.txt，自己编个脚本来做计算。比如： #!/usr/bi...

由于实验室搬家，路由器被搬走了，笔者把自己的NAS拿回了家里。在学校笔者是通过局域网连接的，也不可能拿到公网ip。不过这次既然搬回家了，就可以借着家里的公网ip捣鼓一下。因为ipv4地址存量紧张，很多地方已经不给了，取而代之的是ipv6公网，笔者这里也一样。本文记录一下通过lucky反代的过程。 准备 v6公网 首先要检查一下有没有v6公网，如果根本没开那下面全是扯淡。电脑连上wifi用...

去年在量子化学公众号上看到了一种用Gaussian 16中的GIC功能实现同时扫描多个坐标的方法，当时没需求就收藏起来了。今天有个水传质子的过渡态猜测是协同的，想到了这个方法，于是研究了一下。 原理 假设需要计算一个乙烯与水的加成反应，需要扫描C4-O7’与C1-H9’同时缩短。 则定义冗余内坐标： RC4O7=R(4,7) RC1H9=R(1,9) 初始结构是随便摆的，RC4O7=...

存点自用配置 gview风格配色 vmd可以按照如下格式自定义颜色，第四列是颜色ID，后面三列应该是RGB值/255 color change rgb 101 0.8000 0.8000 0.8000 color change rgb 102 0.8471 1.0000 1.0000 color change rgb 103 0.8000 0.4863 1.0000 color c...

态跟踪原理笔者在SDNTO中提过，参考了J. Comput. Chem. 2019, 40, 1420–1428。利用这个原理，可以对一条轨迹进行透热势能面跟踪，这对于追踪CT态与LE态的交叉十分有用。本文记录利用baneSNTO程序进行透热态跟踪的流程，选择的模型是对硝基苯胺。 （硝基在Chemdo...

假期刷到初中的一个实验的视频，氯气和氢气在光照下化合。想起当时很不能理解明明室内开了灯，但是不能发生反应，非要镁条点一下才行。曾经问老师得到的解释是灯光强度不够，要Mg点燃的时候那个晃眼的强度才行。现在掌握的知识多了些，忽然有兴致随便算算玩玩。 首先分析一下。反应的关键是氯氯键需要被光打断，解离成氯自由基。这个过程涉及到氯气的激发和断键，应该是吸收到S1然后过MECI断键。既然涉及到吸收，...

记录一些origin偷懒小玩具 %Y：用户文件夹路径，可以把自己搓的小玩意放在这里，labtalk脚本里%Y调用 小玩具 raw_data 操作表格示例，把荧光仪测试的数据删掉前12行，第一列注释，第二列X，后续每隔两列删一列： import PyOrigin as po # 获取当前活动工作表 wks = po.ActiveLayer() # 获取工作表的列数 num_colu...