💡简介 Orbital Viewer是一个主要由JavaScript与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。 系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。 网络要求：可以本地运行，未来可...

在HF 推导笔记中，我们从分子的能量组成出发，用单个 Slater 行列式表示多电子波函数，再通过能量变分求出轨道。接下来想了解密度泛函理论（density functional theory，DFT），一个自然的问题是：既然它以电子密度为基本变量，为什么实际计算时仍然需要轨道？ Kohn–Sham（KS）方法正是为了解决这个问题。密度让我们可以换一种方式描述基态能量；轨道则让其中很难直接...

之前在进行 QM 计算时，软件在做什么？里，简单介绍过 HF 和 SCF 的计算过程。这次把读 Szabo 与 Ostlund 的 Modern Quantum Chemistry 时留下的推导重新整理一遍。先从一个分子的能量由什么组成讲起，再看 HF 怎样处理电子之间的相互作用，最后把这些想法写成能在程序中求解的轨道方程。 本文先讨论一般的 HF，再转到闭壳层限制性 Hartree–Fo...

1 装机 这部分师兄帮忙操作了，跳过，以后自己处理时再记一下 2 Windows系统设置 win11做了许多啥比改动，用惯了win10的人如笔者此处需要一个一个回退；此外还有一些历代Windows都有的问题需要矫正 底部菜单栏靠左 设置-个性化-任务栏 任务栏行为-任务栏对齐方式-靠左 恢复旧版右键菜单 运行 reg.exe add "HKCU\Software\Classes\C...

前言 现状 多数量子化学程序都需要较长的运行时间。只要一次计算的任务数多起来，就会遇到一个很实际的问题：怎样让任务按照可用资源自动排队，而不是靠人守着终端一个个启动。 常见的处理方式大致有两类。 第一类是使用 Slurm、SGE、PBS 等成熟的作业调度系统。它们的资源分配和队列管理都很完善，也是集群环境中的常规选择。不过在个人工作站或单机服务器上，安装和配置一套完整调度系统略显繁琐...

在研究分子间弱相互作用时，单看一个总结合能往往不够。比如两个分子形成复合物，到底是静电作用占主导，还是色散作用占主导？哪些原子促进结合，哪些原子反而产生排斥？这些问题通常需要借助能量分解分析（energy decomposition analysis, EDA）回答。 常见的 SAPT、ALMO-EDA、sobEDA 等方法从电子结构计算出发，物理图像较完整，但计算量也明显高于普通的单点能...

笔者C盘比较紧张，一直因为MSVC吓人的存储空间占用没舍得装，用wsl里的mingw交叉编译凑合。昨天终于狠下心清理了一顿，装上之后真香了。打算编译个RDkit Windows版给以后开发用。 编译 下载源码 git clone https://github.com/rdkit/rdkit.git rdkit需要x64环境，如果MSVC默认进了x86的MSVC，会报一些乱七八糟的错。...

遇到了TPA计算的需求，稍微了解了一下发现好像不难算，只是没现成工具。这里记录一下摸索过程 双光子吸收截面 分两种，一种是垂直的，这个比较好做；还有一种是考虑FCHT，这个得计算激发态的优化然后做振动态求和。 垂直 首先要做态求和拿到二光子跃迁张量，Multiwfn可以做这一步（18-5-xx.log-3）。 然后基于导出的SOS.txt，自己编个脚本来做计算。比如： #!/usr/bi...

由于实验室搬家，路由器被搬走了，笔者把自己的NAS拿回了家里。在学校笔者是通过局域网连接的，也不可能拿到公网ip。不过这次既然搬回家了，就可以借着家里的公网ip捣鼓一下。因为ipv4地址存量紧张，很多地方已经不给了，取而代之的是ipv6公网，笔者这里也一样。本文记录一下通过lucky反代的过程。 准备 v6公网 首先要检查一下有没有v6公网，如果根本没开那下面全是扯淡。电脑连上wifi用...

去年在量子化学公众号上看到了一种用Gaussian 16中的GIC功能实现同时扫描多个坐标的方法，当时没需求就收藏起来了。今天有个水传质子的过渡态猜测是协同的，想到了这个方法，于是研究了一下。 原理 假设需要计算一个乙烯与水的加成反应，需要扫描C4-O7’与C1-H9’同时缩短。 则定义冗余内坐标： RC4O7=R(4,7) RC1H9=R(1,9) 初始结构是随便摆的，RC4O7=...