VMD脚本

存点自用配置

gview风格配色

vmd可以按照如下格式自定义颜色，第四列是颜色ID，后面三列应该是RGB值/255

color change rgb 101 0.8000 0.8000 0.8000 
color change rgb 102 0.8471 1.0000 1.0000 
color change rgb 103 0.8000 0.4863 1.0000 
color change rgb 104 0.8000 1.0000 0.0000 
color change rgb 105 1.0000 0.7098 0.7098 

也可以给元素设置颜色

color Element H white
color Element He 102
color Element Li 103
color Element Be 104

看到sobereva老师给了gview配色的tcl脚本，做了个快捷命令：

proc gview  {
    source D:/program/VMD/scripts/gview_color.tcl
    
    if {$mol eq ""} {
        # 没有给mol参数时，设置默认样式
        mol default style CPK
        mol default color Element
    } else {
        # 给了mol参数时，对指定分子执行
        mol modstyle 0 $mol CPK
        mol modcolor 0 $mol Element
    }
}

配置方法：下载gview_color.tcl，复制上述内容到vmd.rc，然后将D:/program/VMD/scripts/gview_color.tcl这个路径改为你实际存放gview_color.tcl的路径。

使用方法：gview直接使用时，是将默认样式切换为gview配色；给了mol id时，是将对应的mol切换为gview配色。

快速渲染

VMD的tachyon渲染器是可以命令行调用的，参考Stardust的静电势帖子做了个快捷渲染命令xr：

proc xr  {
    # 如果file_name为空，则使用当前top分子的名称并去掉后缀
    if {$file_name eq ""} {
        set file_name [file rootname [molinfo top get name]]
    }
    
    render Tachyon $file_name.dat
    exec D:\\program\\VMD\\tachyon_WIN32.exe $file_name.dat -aasamples 24 -trans_vmd -res 2560 1440 -format BMP -o $file_name.bmp
}

配置方法：复制上述内容到vmd.rc，然后将D:\\program\\VMD\\tachyon_WIN32.exe这个路径改为tachyon_WIN32.exe的实际路径，注意路径分割符\需要double一下避免转义。

使用方法：直接在命令行敲xr即可渲染当前场景。