BaneTop

BaneTop

Last Update: 25/5/21

BaneTop 是一个命令行工具，用于将 Sobtop 产生/补全的力场信息整理并转换为 Gaussian 分子力学（Amber）与 ONIOM(QM:MM) 可直接使用的输入片段与参数段，主要面向配体/非标准残基在 Gaussian 中出现 缺失参数（Undefined parameters） 的场景。

项目地址：https://github.com/bane-dysta/banetop

公社介绍贴：BaneTop：Gaussian力场参数转换器

本站介绍贴：BaneTop：Gaussian力场参数生成器(建议看公社的介绍贴，那个是手写的，本站这个是AI作品)

安装

依赖

  • Sobtop：力场类型指认与参数生成
  • Open Babel（可选）：在仅提供 .fchk 时用于生成/转换 .mol2
  • Gnuplot（可选）：用于检查二面角周期势拟合曲线

获取与权限

从 GitHub release 下载对应版本并解压，将可执行文件加入 PATH 或设置别名，例如：

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chmod +x banetop
echo 'export PATH=/path/to/banetop:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

配置

BaneTop 通过配置文件定位 Sobtop 与模板目录。程序会按以下顺序查找配置：

  • 当前目录 ./banetop.conf
  • ~/.banetop/banetop.conf
  • /etc/banetop/banetop.conf

最小配置示例：

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# Sobtop 可执行文件路径
sobtop.path = /path/to/sobtop

# Sobtop 模板目录（release 通常自带 templates）
sobtop.templates_dir = /path/to/banetop/templates

# （可选）日志
log.file_path = banetop.log
log.level = 1
log.to_console = true
log.to_file = true

快速开始

准备同一目录下的输入文件（按需求选择）：

  • 已做频率计算的 calculation.fchk
  • 与 fchk 原子顺序一致 的 molecule.mol2
  • （可选）包含RESP电荷的chg文件 molecule.chg

查看帮助：

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banetop --help

功能与用法

写入 RESP 电荷（-c）

将 .chg 中的电荷写入 .gjf：

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banetop -c molecule.gjf molecule.chg

输出：molecule_charged.gjf

提取/生成缺失参数（-u）

从 Gaussian 输出（.log/.out）中提取未定义参数项，并生成对应的参数片段（用于追加到输入中）：

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banetop -u gaussian.log ff_params.txt > new_params.txt

适用于：Gaussian 能识别分子拓扑，但在力场参数表中缺项的情况。

调用 Sobtop 模板（-s）

以模板方式驱动 Sobtop 完成特定流程（例如 genpara）：

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banetop -s genpara molecule.mol2

从 fchk 生成 Gaussian 可用参数（-g fchk）

从 fchk 出发生成 Gaussian 可用的 MM 参数与输入片段：

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banetop -g fchk calculation.fchk

该模式面向 “已有量化结果 + 需要构建/补全 MM 参数” 的工作流。

注：若目录中没有同名 .mol2，程序可在配置正确且安装了 Open Babel 时尝试自动转换生成。

从 rtp 生成 Gaussian 可用参数（-g rtp）

当你已经有 Sobtop 生成的 .rtp 时，可直接转换得到 Gaussian 可用参数：

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banetop -g rtp molecule.mol2 molecule.rtp

该模式适用于：Sobtop 已完成类型指认与参数生成，需要进一步适配 Gaussian 参数格式/单位体系的场景。

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