xyzTrick

xyzTrick

Last Update: 26/2/19

xyzTrick是一个致力于利用剪切板作为媒介传递信息，避免直接从服务器下载log文件的程序，另有一些辅助功能。

项目地址：https://github.com/bane-dysta/xyzTrickGview2

安装

在release里下载最新版。提供两种版本，一种是单可执行文件，一种是installer。

单独下载可执行文件时，需要自行处理配置ini文件。installer则会获取GAUSS_EXEDIR帮用户确定一些路径。

配置文件示例：

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[main]
hotkey=CTRL+ALT+X
hotkey_reverse=CTRL+ALT+G
gview_path=%GAUSS_EXEDIR%\gview.exe
gaussian_clipboard_path=%GAUSS_EXEDIR%\Scratch\fragments\Clipboard.frg
temp_dir=temp
log_file=logs\xyz_monitor.log
log_level=INFO
log_to_console=true
log_to_file=true
wait_seconds=10
# Memory limit in MB for processing (default: 500MB)
max_memory_mb=500
# Optional: set explicit character limit (0 = auto calculate from memory)
max_clipboard_chars=65536000
# XYZ Converter Column Definitions (1-based indexing)
element_column=1
xyz_columns=2,3,4
# CHG Format Support (format: Element X Y Z Charge)
try_parse_chg_format=true
# Atomic Number Parsing (try to parse element column as atomic number)
try_parse_atomic_number=true
# Log file viewers
orca_log_viewer=plugins\OfakeG.exe
gaussian_log_viewer=gview.exe
other_log_viewer=notepad.exe

# plugins
[clipxtb]
cmd=plugins\clipxtb.exe
hotkey=CTRL+ALT+D

[clipchem3d]
cmd=plugins\clipchem3d_silent.exe

[clipcp2k]
cmd="plugins\cp2k2xyz.exe"
hotkey=CTRL+ALT+F

运行功能

xyzTrick运行时，可以监听快捷键输入进行以下剪切板功能：

xyz剪切板

描述：本程序的主功能。将剪切板上的xyz text转换为Gaussian风格log文件，并尝试用gview打开。

配置文件相关项：

  • hotkey：设置触发快捷键，默认CTRL+ALT+X
  • gview_path：gview可执行文件的路径，默认%GAUSS_EXEDIR%\gview.exe
  • temp_dir：生成的Gaussian日志文件路径，默认temp
  • wait_seconds：自动清理Gaussian日志文件的时间，默认10s
  • max_memory_mb：处理剪切板内容时，使用内存上限，默认500 MB
  • max_clipboard_chars：处理剪切板内容时，处理字符数上限，默认65536000
  • element_column：指定第几列为元素列。在处理非标准形式xyz文件时有用
  • xyz_columns：指定xyz坐标是第几列。同上

细节：若xyz文本第二行写入了形如

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MaxF=6.9e-03 RMSF=7.8e-04 MaxD=2.2e-01 RMSD=5.1e-02 E=-1941.608811

的收敛信息，将之一并写入生成的Gaussian日志文件，可以直接在gview里查看收敛情况。这种带有收敛信息的xyz文件可以用banedata生成。

逆向剪切板

描述：将gview clipboard上的内容转换成xyz text，并写入剪切板。

配置文件相关项：

  • hotkey_reverse：逆向剪切板触发快捷键，默认CTRL+ALT+G
  • gaussian_clipboard_path：Clipboard.frg所在路径。需要自己去Gaussian的scratch目录里找到，每个人不一样。

解析chg文本

描述：解析sobereva老师约定的chg格式文本（第五列为电荷列），并将电荷写入Gaussian日志文件。触发快捷键同主功能。

配置文件相关项：

  • try_parse_chg_format：bool变量，true表示优先尝试按chg解析而不是按element_column和xyz_columns解析。

套壳功能

xyzTrick可以作为.log、.out、.chg、.xyz等后缀的默认打开程序，并为其选择合适的打开方式。

.xyz&.chg文件

描述：与前述剪切板行为一致。

.log&.out文件

描述：xyzTrick将首先判断该程序是否为Gaussian日志文件，若是则直接打开。若不是，检查是否是orca日志文件，若是则先用ofakeg转换为Gaussian日志文件再打开，若不是，则用默认文本文档程序打开。

配置文件相关项：

  • orca_log_viewer：ofakeg路径
  • gaussian_log_viewer：gview路径
  • other_log_viewer：用于打开其他格式文件的文本编辑器路径

插件功能

xyzTrick可以监听快捷键，打开对应应用程序。该功能是为其他剪切板联动而设计的，配置文件写法：

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[plugin name]
cmd=path\to\plugin.exe
hotkey=YOUR_HOT_KEY

作者提供两个插件。

clipxtb

描述：将剪切板上的xyz文本用xtb优化一下再写回去。

公社介绍贴：用xtb优化剪切板上的xyz文件

clipchem3d

描述：将剪切板上的chem3d对象转换为xyz文本。

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