以下内容完全由Claude3.5生成，我大概看了一下使用方面说的没错(但是吹的牛逼一句都别信) 在计算化学公社写了个简介，这个纯手工，有兴趣可以看一下。 BaneTop BaneTop 是一个命令行工具，利用sobtop产生力场参数的功能，产生能用于 Gaussian 分子力学 (MM) 计算相关的输入，方便进行ONIOM计算。 下载和安装 GitHub：release 运行环境...

Tasker: Gaussian计算任务自动化工具集 💡简介 Tasker是一套Python脚本工具集，用于自动化生成Gaussian计算任务。特性： 处理复杂的任务依赖，按照要求生成输入文件 任务模块化，通过建立模板库轻松设置复杂的计算任务 结合crontab，按照task文件自动进行计算 结合作业调度系统，实现通过调用Multiwfn或运行自定义脚本等方式进行...

💡简介 Orbital Viewer是一个主要由JavaScript与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。 系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。 网络要求：可以本地运行，未来可...

本地内网部署 创建yml文件： services: gitea: image: gitea/gitea:latest container_name: gitea environment: - USER_UID=1000 - USER_GID=1000 restart: always ports: - "3000:...

管局审核终于过了，开始折腾我的服务器 DNS解析 在域名解析种添加记录，一个www起头，一个@起头，解析到云服务器公网IP Nginx 1. 安装 Nginx # Ubuntu/Debian sudo apt update sudo apt install nginx # CentOS/RHEL sudo yum install nginx # 或 dnf install nginx...

记录首次成功的动力学模拟，用的是随便找的BODIPY。 程序安装 暂时conda install -c conda-forge gromacs=2024.5，等编译了再说 从sobtop开始 多数教程都是用的gromacs本身的工具，但由于BODIPY里面氟和硼的存在，力场参数大寄，所以笔者首先琢磨sobtop产生输入的方式。 Step0：准备工作 如果模拟的是CHNO等常见原子，可以...

UFF 最省事的一集 # opt oniom(hf/3-21g:uff) geom=connectivity Title Card Required 0 1 0 1 0 1 C-C_3 0 0.26396373 -0.76918113 1.35914510 L S-S_3+2 0 0.26396373 0.42288...

输入文件结构 $new_job类似于Gaussian的–link1–，使用%base "job1"来重定向输出文件名称 使用#开启注释，另一个#关闭注释继续输入。 TolE=1e-5; #Energy conv.# TolMaxP=1e-6; #Density conv.# 几何结构从文件末尾如下格式的块读取： ``` Cr...

组里新服务器的环境跟笔者之前白嫖的差别太大了，一时间有点不适应。如果完全复刻以前的计算模式显得太蠢，所以笔者打算利用手头的一些组件，搞一个纯windows完成计算的工作流出来。 主要记录inotify部分，其他部分都是长久积累出来的小工具😸 文件交流 这里显然要用SMB服务，把计算目录当本地文件一样操作，非常舒服，唯一的缺点是不能用wsl里的linux程序做后处理。 科学计算 提交计...

最近笔者组里新添了服务器。由于组里没人会玩，可以愉快地进行瞎搞😸 由于笔者先前已经用NAS爽过SMB服务，为了极致偷懒充分发挥局域网连接的优势，笔者决定给服务器也装上，这样就可以在本地操作计算文件，而不必ssh连过去，再下载到本地，再传回去了。 Linux端配置 安装SAMBA软件 笔者的服务器是Rocky8.10，使用dnf安装： sudo dnf install samba sam...