BaneTask：让量子化学计算工作流更简单 置顶tasker已经弃用半年多了，重构的banetask也已经悄悄升级到2.0。本程序笔者用着非常解放双手，有心换个血，但写程序介绍太费劲了，还是全权交给Claude罢。 以下彩虹屁均由Claude4.5生成。感觉好多东西没介绍出来，但就先这样吧 写在前面 如果你做过量子化学计算，你一定遇到过这些烦恼： 需要手动准备大量输入...

以下内容完全由Claude3.5生成，我大概看了一下使用方面说的没错(但是吹的牛逼一句都别信) 在计算化学公社写了个简介，这个纯手工，有兴趣可以看一下。 BaneTop BaneTop 是一个命令行工具，利用sobtop产生力场参数的功能，产生能用于 Gaussian 分子力学 (MM) 计算相关的输入，方便进行ONIOM计算。 下载和安装 GitHub：release 运行环境...

💡简介 Orbital Viewer是一个主要由JavaScript与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。 系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。 网络要求：可以本地运行，未来可...

假期刷到初中的一个实验的视频，氯气和氢气在光照下化合。想起当时很不能理解明明室内开了灯，但是不能发生反应，非要镁条点一下才行。曾经问老师得到的解释是灯光强度不够，要Mg点燃的时候那个晃眼的强度才行。现在掌握的知识多了些，忽然有兴致随便算算玩玩。 首先分析一下。反应的关键是氯氯键需要被光打断，解离成氯自由基。这个过程涉及到氯气的激发和断键，应该是吸收到S1然后过MECI断键。既然涉及到吸收，...

记录一些origin偷懒小玩具 %Y：用户文件夹路径，可以把自己搓的小玩意放在这里，labtalk脚本里%Y调用 小玩具 raw_data 操作表格示例，把荧光仪测试的数据删掉前12行，第一列注释，第二列X，后续每隔两列删一列： import PyOrigin as po # 获取当前活动工作表 wks = po.ActiveLayer() # 获取工作表的列数 num_colu...

在计算光化学中，优化分子的激发态几何结构是理解光化学反应机理的关键步骤。然而，这个看似简单的任务实际上充满挑战。想象一下这样的场景：你想要优化某个分子的S2，但在优化过程中，随着分子几何构型的变化，原本的S2态可能会变成S1，甚至S3。如果不加以追踪，优化算法很容易丢失目标，最终得到的不是你想要的那个电子态的最小值，而是另一个完全不同性质的态。这就是激发态追踪（state tracking）...

已在公社发帖介绍，那里写的比较详细 Multiwfn以其强大的波函数分析功能而闻名。然而，数字交互的运行方式使得其输入文件可能较为难读。比如，笔者想导出前线轨道，则需要这一串抽象的数字作为输入： 200 3 h 2 3 l 2 0 q 虽然可以存为模板等待调用，但而假若下次想微调一些流程，就不能像QM计算的输入文件那样给opt加个calcfc这种方式来实现，这是笔者一直以来比较想解决的问...

理论背景 量子化学的核心目标是求解分子的薛定谔方程: [\hat{H}\psi = E\psi] 对于一个包含 $N(N>1)$ 个电子的分子，哈密顿算符 $\hat{H}$ 包含电子动能、电子-核吸引能、电子-电子排斥能。但这个多体问题太复杂，无法精确求解。 Hartree-Fock方法 为避免直接求解多电子波函数，一个经典的思路是Hartree-Fock方法。HF的核心思想是...

理论背景 对于一个普通化学反应，过渡态理论 (Transition State Theory, TST)提供了一个强大的框架来理解其反应速率： [k_{TST} = \frac{k_B T}{h} e^{-\Delta G^\ddagger / k_B T}] TST的核心思想是反应物需要沿着一个或多个反应坐标，越过一个能量最高点——过渡态 (Transition State, TS)，...

准备入门CDFT，先把NWChem编译一下。 mpi3.1.3 从官网下载openmpi-3.1.3，解压： tar -zvxf openmpi-3.1.3.tar.gz 进入目录，运行configure并安装： ./configure prefix=~/.local/share/mpi3.1.3 make all install -j mpi的编译是很慢的，所以笔者喜欢编译一个版本之...