Tasker: Gaussian计算任务自动化工具集 💡简介 Tasker是一套Python脚本工具集，用于自动化生成Gaussian计算任务。特性： 处理复杂的任务依赖，按照要求生成输入文件 任务模块化，通过建立模板库轻松设置复杂的计算任务 结合crontab，按照task文件自动进行计算 结合作业调度系统，实现通过调用Multiwfn或运行自定义脚本等方式进行...

💡简介 Orbital Viewer是一个主要由java与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。 系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。 网络要求：可以本地运行，未来可能设计局域网...

关于ΔSCF，引用一下sob老师在乱谈激发态的计算方法中的描述： ΔSCF：这不是某个具体计算激发态的理论方法，而只是一种结合HF/DFT计算激发态的技术。也就是通过调整初猜，将基态时占据轨道的一个电子挪到一个与之不可约表示不同的虚轨道上，于是经过SCF迭代，就会得到与原先对称性不同的电子态，即激发态。这种计算激发态的好处在于计算耗时和计算基态完全一样，故优化、计算频率很方便，而且考...

根据sob老师的博文衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算，计算芳香性的方法有很多种。笔者最近因为课题需要把大大小小的方法基本都实测了一遍，在此记录一下几个笔者发现的比较靠谱的方法。文中计算均以芴正离子为例。 一维NICS曲线 按照使用Multiwfn绘制一维NICS曲线并通过积分衡量芳香性操作： 25 //离域化和芳香性分析 13 //一维NICS扫描和积分 2 /...

笔者虽然写过一堆时尚小垃圾，还写了像模像样的README文档，但实际上笔者只是借Claude3.5狐假虎威，自己基本不会啥代码。所以，这篇Note是为我自己梳理docker的结构，以便于更好地作为甲方向Claude提要求用的，里面记录的东西对各位读者大能来说估计没什么用😸看个乐子吧。 Docker简介 Docker是一个开源的容器化平台，让开发者能够将应用程序及其依赖项打包到一个可移植的容...

因为python启动有点慢，有些非常常用又简单的小工具笔者实在想转成C++的，于是不得不学习如何编译这些库。 OpenBabel 官网给出的下载链接直通2.4.0源码，令人忍俊不禁。真正的源码要在github上搞到，目前的发行版是3.1.1，下载下来之后解压： tar -jxvf openbabel-3.1.1-source.tar.bz2 创建build文件夹，运行cmake： cd ...

由于ledock不能用于非蛋白质受体的对接，有时候还是要捡起来AutoDock的。笔者并没有人带，只好使用UI界面避免把参数搞错。 结构来源 在RCSB PDB或其他PDB数据库获取蛋白质数据。搜索时需要搜索全称，选择structure来找到想要的蛋白质的结构。下载蛋白质的PDB文件，使用PyMOL打开，检查是否有水和配体，进行移除： remove solvent remove orga...

新电脑不到半年，分了200个G的C盘又快炸了，下次得再给C盘多分点。用SpaceSniffer扫了一下，发现了几个罪魁祸首，记录一下清理过程备用。 Edge Edge有3gb的用户数据存在C盘的~\AppData\Local\Microsoft\Edge，一个浏览器存这么多玩意也不知道要搞什么。打算丢到D盘。 在D盘新建一个数据目录，如D:\UserData\EdgeData ...

手动画结构画烦了，摸会鱼。笔者是个懒狗，信奉为了偷五分钟的懒值得花上半个小时去琢磨，于是就开始搜偷懒办法。发现某商业化软件有这个功能，但一是要登陆，二是芘事多，笔者不喜欢。随后又发现了一个开源项目，拉下来之后发现还挺好用的，于是拿来玩一玩。 项目地址：molOCR 部署后端 按照说明书，该项目需要修改版的chembl_beaker作为后端，所以先装这个。由于作者提供的部署方案是docke...

deepseek R1火了，而且开源，跟个风拉个本地模型玩玩。 本地部署大模型 开源大模型的获取途径其实挺多的，但为了方便，这里使用ollama来管理大模型。 大模型有一个比较重要的指标是参数数量，比如deepseek-r1就有1.5b、7b、8b、14b、32b、70b和671b这些版本的，b表示billion，671b就是6710亿参数，换算过来显存得4、500个gb才能跑动，本地部...