banetask

BaneTask：让量子化学计算工作流更简单置顶tasker已经弃用快一年了，重构的banetask也已经悄悄升级到2.0。本程序笔者用着非常解放双手，有心换个血，但写程序介绍太费劲了，还是全权交给Claude罢。以下彩虹屁均由Claude4.5生成。感觉好多东西没介绍出来，但就先这样吧写在前面如果你做过量子化学计算，你一定遇到过这些烦恼：需要手动准备大量输入...

Oct 15, 2025 Quantum Chemistry

BaneTop：Gaussian力场参数生成器

以下内容完全由Claude3.5生成，我大概看了一下使用方面说的没错(但是吹的牛逼一句都别信) 在计算化学公社写了个简介，这个纯手工，有兴趣可以看一下。 BaneTop BaneTop 是一个命令行工具，利用sobtop产生力场参数的功能，产生能用于 Gaussian 分子力学 (MM) 计算相关的输入，方便进行ONIOM计算。下载和安装 GitHub：release 运行环境...

May 20, 2025 Scripts

Orbital Viewer：快速可视化分子轨道工具

💡简介 Orbital Viewer是一个主要由JavaScript与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。网络要求：可以本地运行，未来可...

Nov 11, 2024 Scripts

banewfn

Multiwfn以其强大的波函数分析功能而闻名。然而，数字交互的运行方式使得其输入文件可能较为难读。比如，笔者想导出前线轨道，则需要这一串抽象的数字作为输入： 200 3 h 2 3 l 2 0 q 虽然可以存为模板等待调用，但而假若下次想微调一些流程，就不能像QM计算的输入文件那样给opt加个calcfc这种方式来实现，这是笔者一直以来比较想解决的问题。笔者的想法是自己立一套村规，再...

Oct 12, 2025 Quantum Chemistry

进行QM计算时，软件在做什么？

理论背景量子化学的核心目标是求解分子的薛定谔方程: [\hat{H}\psi = E\psi] 对于一个包含 $N(N>1)$ 个电子的分子，哈密顿算符 $\hat{H}$ 包含电子动能、电子-核吸引能、电子-电子排斥能。但这个多体问题太复杂，无法精确求解。 Hartree-Fock方法为避免直接求解多电子波函数，一个经典的思路是Hartree-Fock方法。HF的核心思想是...

Oct 8, 2025 Quantum Chemistry

电子耦合积分

理论背景对于一个普通化学反应，过渡态理论 (Transition State Theory, TST)提供了一个强大的框架来理解其反应速率： [k_{TST} = \frac{k_B T}{h} e^{-\Delta G^\ddagger / k_B T}] TST的核心思想是反应物需要沿着一个或多个反应坐标，越过一个能量最高点——过渡态 (Transition State, TS)，...

Sep 26, 2025 Quantum Chemistry

NWChem的编译安装

准备入门CDFT，先把NWChem编译一下。 mpi3.1.3 从官网下载openmpi-3.1.3，解压： tar -zvxf openmpi-3.1.3.tar.gz 进入目录，运行configure并安装： ./configure prefix=~/.local/share/mpi3.1.3 make all install -j mpi的编译是很慢的，所以笔者喜欢编译一个版本之...

Sep 25, 2025 Quantum Chemistry, NWChem

利用高斯调度xTB完成量子化学计算

最近一个过渡态找麻了，体系大算得慢，还偶尔会藏个无垒的，此时想到了sobereva老师的高斯external脚本，于是拿来用了一下，非常好用，特此记录。接口文档后续可能考虑把atb2弄进来，这样就能算激发态优化了，所以大概记一下接口的使用方法。根据说明书，external脚本使用关键词external=’‘实现。默认情况下调用方式为： $Gau_External layer Inp...

Sep 20, 2025 Quantum Chemistry

在blog中渲染chem对象

截图截累了，研究研究怎么基于chemdoodle.js在blog中渲染chem对象。 include 首先是chemdoodle，把js和css放到对应位置，创建_include/chemdoodle.html: <head> <link rel="stylesheet" href="/assets/css/ChemDoodleWeb.css" type="text/css...

Aug 23, 2025 blog, build

大体系的激发态波函数分析方案

对于巨型体系，如COF，直接TD-DFT计算激发态将非常困难。此时就需要一些简化算法，以便将资源消耗控制在可以接受的资范围内。本文打算记录一些非常规的方案，取的例子是：因为想有个TDDFT结果做标准参考，所以取的不是非常大，而且有意保持了对称性，免得真算不动了。首先结构优化： # opt freq CAM-B3LYP/def2svp em=gd3bj 然后做TDDFT单点： # td...

Aug 5, 2025 Quantum Chemistry