BaneTop：Gaussian力场参数生成器
以下内容完全由Claude3.5生成，我大概看了一下使用方面说的没错(但是吹的牛逼一句都别信) 在计算化学公社写了个简介，这个纯手工，有兴趣可以看一下。 BaneTop BaneTop 是一个命令行工具，利用sobtop产生力场参数的功能，产生能用于 Gaussian 分子力学 (MM) 计算相关的输入，方便进行ONIOM计算。 下载和安装 GitHub：release 运行环境...
纯白纱陵
Tasker：Gaussian计算任务自动化工具集
Tasker: Gaussian计算任务自动化工具集 💡简介 Tasker是一套Python脚本工具集，用于自动化生成Gaussian计算任务。特性： 处理复杂的任务依赖，按照要求生成输入文件 任务模块化，通过建立模板库轻松设置复杂的计算任务 结合crontab，按照task文件自动进行计算 结合作业调度系统，实现通过调用Multiwfn或运行自定义脚本等方式进行...
Orbital Viewer：快速可视化分子轨道工具
💡简介 Orbital Viewer是一个主要由JavaScript与python写成的简易轨道查看器，用于提供直观的三维界面来展示和分析轨道，并快速整理计算结果，令使用者可以大致掌握分子的基本信息。 系统要求：目前支持Windows 10及以上版本，Windows 7未测试。Linux理论上可兼容，但作者没有具有图形界面的linux机子来测试。 网络要求：可以本地运行，未来可...
在blog中渲染chem对象
截图截累了，研究研究怎么基于chemdoodle.js在blog中渲染chem对象。 include 首先是chemdoodle，把js和css放到对应位置，创建_include/chemdoodle.html: <head> <link rel="stylesheet" href="/assets/css/ChemDoodleWeb.css" type="text/css...
大体系的激发态波函数分析方案
对于巨型体系，如COF，直接TD-DFT计算激发态将非常困难。此时就需要一些简化算法，以便将资源消耗控制在可以接受的资范围内。本文打算记录一些非常规的方案，取的例子是： 因为想有个TDDFT结果做标准参考，所以取的不是非常大，而且有意保持了对称性，免得真算不动了。首先结构优化： # opt freq CAM-B3LYP/def2svp em=gd3bj 然后做TDDFT单点： # td...
Anti-Kasha荧光的ESD计算
Anti-Kasha荧光是违反Kasha规则的发光现象，即分子从高激发态（如S₂、S₃）直接发射荧光，而非仅从最低激发态S₁发射。此类现象在有机染料中较为罕见，但在某些特殊结构的分子中可以观察到。本文将以Azulene为例尝试对此效应进行计算。 1 理论背景 1.1 Kasha规则与Anti-Kasha现象 Kasha规则指出，分子在光激发后，无论最初被激发到哪个高能态，最终的荧光发...
量子化学软件BDF在低版本系统上的运行方案
问题描述 终于申请到BDF的学术版license，迫不及待地从dropbox上下载下来(哇啊啊啊1.3个g还得修练轻功)装上服务器，然后就看到了这个： /opt/sge/default/spool/s02/job_scripts/239: line 10: ulimit: max locked memory: cannot modify limit: Operation not permi...
量子化学软件BDF探路
基本输入结构 #标记注释行 简洁输入： #!anywords # 首行为标记行，shebang语法，不能出现除'.'以外的特殊符号 B3lyp/3-21G # 关键词块，可以多行 iroot=4 # 空行表示关键词输入结束 Geometry # 输入原子坐标，单位 Angstrom O 0.00000 0.00000 0.36827 H 0.0000...
编辑windows右键菜单
虽然右键终端-vmd只需要两步，但是我懒得输入VMD😸 win+r输入REGEDIT打开注册表，导航到计算机\HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell 右键点击shell，选择新建 → 项，命名为OpenVMD; 在OpenVMD项中，双击(默认)值，输入在此处打开VMD; 在OpenVMD项下右键，新建项命名为 comma...
Lmod管理环境变量
集群上装的module起初用不习惯，后面越用越顺手；现在用上自己的机子没有module居然有点不适应了。那就开整！ Linux版本：Rocky 8.10 安装 # 安装Lua依赖包 sudo dnf config-manager --enable powertools sudo dnf install lua-filesystem lua-posix # 安装Lmod sudo dnf...