利用高斯调度xTB完成量子化学计算
最近一个过渡态找麻了，体系大算得慢，还偶尔会藏个无垒的，此时想到了sobereva老师的高斯external脚本，于是拿来用了一下，非常好用，特此记录。 接口文档 后续可能考虑把atb2弄进来，这样就能算激发态优化了，所以大概记一下接口的使用方法。 根据说明书，external脚本使用关键词external=’‘实现。默认情况下调用方式为： $Gau_External layer Inp...
纯白纱陵
在blog中渲染chem对象
截图截累了，研究研究怎么基于chemdoodle.js在blog中渲染chem对象。 include 首先是chemdoodle，把js和css放到对应位置，创建_include/chemdoodle.html: <head> <link rel="stylesheet" href="/assets/css/ChemDoodleWeb.css" type="text/css...
大体系的激发态波函数分析方案
对于巨型体系，如COF，直接TD-DFT计算激发态将非常困难。此时就需要一些简化算法，以便将资源消耗控制在可以接受的资范围内。本文打算记录一些非常规的方案，取的例子是： 因为想有个TDDFT结果做标准参考，所以取的不是非常大，而且有意保持了对称性，免得真算不动了。首先结构优化： # opt freq CAM-B3LYP/def2svp em=gd3bj 然后做TDDFT单点： # td...
Anti-Kasha荧光的ESD计算
Anti-Kasha荧光是违反Kasha规则的发光现象，即分子从高激发态（如S₂、S₃）直接发射荧光，而非仅从最低激发态S₁发射。此类现象在有机染料中较为罕见，但在某些特殊结构的分子中可以观察到。本文将以Azulene为例尝试对此效应进行计算。 1 理论背景 1.1 Kasha规则与Anti-Kasha现象 Kasha规则指出，分子在光激发后，无论最初被激发到哪个高能态，最终的荧光发...
量子化学软件BDF在低版本系统上的运行方案
问题描述 终于申请到BDF的学术版license，迫不及待地从dropbox上下载下来(哇啊啊啊1.3个g还得修练轻功)装上服务器，然后就看到了这个： /opt/sge/default/spool/s02/job_scripts/239: line 10: ulimit: max locked memory: cannot modify limit: Operation not permi...
量子化学软件BDF探路
基本输入结构 #标记注释行 简洁输入： #!anywords # 首行为标记行，shebang语法，不能出现除'.'以外的特殊符号 B3lyp/3-21G # 关键词块，可以多行 iroot=4 # 空行表示关键词输入结束 Geometry # 输入原子坐标，单位 Angstrom O 0.00000 0.00000 0.36827 H 0.0000...
编辑windows右键菜单
虽然右键终端-vmd只需要两步，但是我懒得输入VMD😸 win+r输入REGEDIT打开注册表，导航到计算机\HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell 右键点击shell，选择新建 → 项，命名为OpenVMD; 在OpenVMD项中，双击(默认)值，输入在此处打开VMD; 在OpenVMD项下右键，新建项命名为 comma...
Lmod管理环境变量
集群上装的module起初用不习惯，后面越用越顺手；现在用上自己的机子没有module居然有点不适应了。那就开整！ Linux版本：Rocky 8.10 安装 # 安装Lua依赖包 sudo dnf config-manager --enable powertools sudo dnf install lua-filesystem lua-posix # 安装Lmod sudo dnf...
Study note：激发态的波函数分析方法
记录下使用Gaussian与Multiwfn如何做激发态分析。 注意：理论部分内容是一位初学者的思考，未必完全正确，会随笔者学习理解过程随时更新。如果读者发现任何地方与已有认识不符，不要怀疑，一定是笔者理解有误，请务必在评论区指出！ 目录 1. 前线轨道(Frontier Molecular Orbitals, FMOs) 2. 跃迁密度(Transition De...
从量子化学软件中产生波函数
Gaussian HF/KS轨道 自然轨道 post-HF/MCSCF CIS/TDDFT 其他轨道 自然跃迁轨道 ORCA HF/KS轨道 ...