记录首次成功的动力学模拟，用的是随便找的BODIPY。 程序安装 暂时conda install -c conda-forge gromacs=2024.5，等编译了再说 从sobtop开始 多数教程都是用的gromacs本身的工具，但由于BODIPY里面氟和硼的存在，力场参数大寄，所以笔者首先琢磨sobtop产生输入的方式。 Step0：准备工作 如果模拟的是CHNO等常见原子，可以...

UFF 最省事的一集 # opt oniom(hf/3-21g:uff) geom=connectivity Title Card Required 0 1 0 1 0 1 C-C_3 0 0.26396373 -0.76918113 1.35914510 L S-S_3+2 0 0.26396373 0.42288...

输入文件结构 $new_job类似于Gaussian的–link1–，使用%base "job1"来重定向输出文件名称 使用#开启注释，另一个#关闭注释继续输入。 TolE=1e-5; #Energy conv.# TolMaxP=1e-6; #Density conv.# 几何结构从文件末尾如下格式的块读取： ``` Cr...

组里新服务器的环境跟笔者之前白嫖的差别太大了，一时间有点不适应。如果完全复刻以前的计算模式显得太蠢，所以笔者打算利用手头的一些组件，搞一个纯windows完成计算的工作流出来。 主要记录inotify部分，其他部分都是长久积累出来的小工具😸 文件交流 这里显然要用SMB服务，把计算目录当本地文件一样操作，非常舒服，唯一的缺点是不能用wsl里的linux程序做后处理。 科学计算 提交计...

最近笔者组里新添了服务器。由于组里没人会玩，可以愉快地进行瞎搞😸 由于笔者先前已经用NAS爽过SMB服务，为了极致偷懒充分发挥局域网连接的优势，笔者决定给服务器也装上，这样就可以在本地操作计算文件，而不必ssh连过去，再下载到本地，再传回去了。 Linux端配置 安装SAMBA软件 笔者的服务器是Rocky8.10，使用dnf安装： sudo dnf install samba sam...

参考：Visualization of Aromaticity: AICD AICD 正版需要给Dr.Herges(rherges@oc.uni-kiel.de)写邮件索取。如英语不好，可以在[其它] AICD 3.0.4安装包分享下载AICD3.0.4。执行： tar xvf AICD-3.0.4.tbz cd AICD-3.0.4 make make输出类似于： (obabel) [...

wsl内单节点安装 参考：Ubuntu20.04单机安装slurm教程 笔者wsl的系统是ubuntu22.04，直接用apt进行安装： sudo apt install slurm-wlm slurm-wlm-doc 检查版本： (rdkitenv) root@user:~# slurmd --version slurm-wlm 21.08.5 (rdkitenv) root@user...

关于ΔSCF，引用一下sob老师在乱谈激发态的计算方法中的描述： ΔSCF：这不是某个具体计算激发态的理论方法，而只是一种结合HF/DFT计算激发态的技术。也就是通过调整初猜，将基态时占据轨道的一个电子挪到一个与之不可约表示不同的虚轨道上，于是经过SCF迭代，就会得到与原先对称性不同的电子态，即激发态。这种计算激发态的好处在于计算耗时和计算基态完全一样，故优化、计算频率很方便，而且考...

根据sob老师的博文衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算，计算芳香性的方法有很多种。笔者最近因为课题需要把大大小小的方法基本都实测了一遍，在此记录一下几个笔者发现的比较靠谱的方法。文中计算均以芴正离子为例。 一维NICS曲线 按照使用Multiwfn绘制一维NICS曲线并通过积分衡量芳香性操作： 25 //离域化和芳香性分析 13 //一维NICS扫描和积分 2 /...

笔者虽然写过一堆时尚小垃圾，还写了像模像样的README文档，但实际上笔者只是借Claude3.5狐假虎威，自己基本不会啥代码。所以，这篇Note是为我自己梳理docker的结构，以便于更好地作为甲方向Claude提要求用的，里面记录的东西对各位读者大能来说估计没什么用😸看个乐子吧。 Docker简介 Docker是一个开源的容器化平台，让开发者能够将应用程序及其依赖项打包到一个可移植的容...