banewfn
已在公社发帖介绍，那里写的比较详细 Multiwfn以其强大的波函数分析功能而闻名。然而，数字交互的运行方式使得其输入文件可能较为难读。比如，笔者想导出前线轨道，则需要这一串抽象的数字作为输入： 200 3 h 2 3 l 2 0 q 虽然可以存为模板等待调用，但而假若下次想微调一些流程，就不能像QM计算的输入文件那样给opt加个calcfc这种方式来实现，这是笔者一直以来比较想解决的问...
纯白纱陵
进行QM计算时，软件在做什么？
理论背景 量子化学的核心目标是求解分子的薛定谔方程: [\hat{H}\psi = E\psi] 对于一个包含 $N(N>1)$ 个电子的分子，哈密顿算符 $\hat{H}$ 包含电子动能、电子-核吸引能、电子-电子排斥能。但这个多体问题太复杂，无法精确求解。 Hartree-Fock方法 为避免直接求解多电子波函数，一个经典的思路是Hartree-Fock方法。HF的核心思想是...
电子耦合积分
理论背景 对于一个普通化学反应，过渡态理论 (Transition State Theory, TST)提供了一个强大的框架来理解其反应速率： [k_{TST} = \frac{k_B T}{h} e^{-\Delta G^\ddagger / k_B T}] TST的核心思想是反应物需要沿着一个或多个反应坐标，越过一个能量最高点——过渡态 (Transition State, TS)，...
NWChem的编译安装
准备入门CDFT，先把NWChem编译一下。 mpi3.1.3 从官网下载openmpi-3.1.3，解压： tar -zvxf openmpi-3.1.3.tar.gz 进入目录，运行configure并安装： ./configure prefix=~/.local/share/mpi3.1.3 make all install -j mpi的编译是很慢的，所以笔者喜欢编译一个版本之...
利用高斯调度xTB完成量子化学计算
最近一个过渡态找麻了，体系大算得慢，还偶尔会藏个无垒的，此时想到了sobereva老师的高斯external脚本，于是拿来用了一下，非常好用，特此记录。 接口文档 后续可能考虑把atb2弄进来，这样就能算激发态优化了，所以大概记一下接口的使用方法。 根据说明书，external脚本使用关键词external=’‘实现。默认情况下调用方式为： $Gau_External layer Inp...
在blog中渲染chem对象
截图截累了，研究研究怎么基于chemdoodle.js在blog中渲染chem对象。 include 首先是chemdoodle，把js和css放到对应位置，创建_include/chemdoodle.html: <head> <link rel="stylesheet" href="/assets/css/ChemDoodleWeb.css" type="text/css...
大体系的激发态波函数分析方案
对于巨型体系，如COF，直接TD-DFT计算激发态将非常困难。此时就需要一些简化算法，以便将资源消耗控制在可以接受的资范围内。本文打算记录一些非常规的方案，取的例子是： 因为想有个TDDFT结果做标准参考，所以取的不是非常大，而且有意保持了对称性，免得真算不动了。首先结构优化：...
Anti-Kasha荧光的ESD计算
Anti-Kasha荧光是违反Kasha规则的发光现象，即分子从高激发态（如S₂、S₃）直接发射荧光，而非仅从最低激发态S₁发射。此类现象在有机染料中较为罕见，但在某些特殊结构的分子中可以观察到。本文将以Azulene为例尝试对此效应进行计算。 1 理论背景 1.1 Kash...
量子化学软件BDF在低版本系统上的运行方案
问题描述 终于申请到BDF的学术版license，迫不及待地从dropbox上下载下来(哇啊啊啊1.3个g还得修练轻功)装上服务器，然后就看到了这个： /opt/sge/default/spool/s02/job_scripts/239: line 10: ulimit: max locked memory: cannot modify limit: Operation not permi...
量子化学软件BDF探路
基本输入结构 #标记注释行 简洁输入： #!anywords # 首行为标记行，shebang语法，不能出现除'.'以外的特殊符号 B3lyp/3-21G # 关键词块，可以多行 iroot=4 # 空行表示关键词输入结束 Geometry # 输入原子坐标，单位 Angstrom O 0.00000 0.00000 0.36827 H 0.0000...