记录一些origin偷懒小玩具 %Y：用户文件夹路径，可以把自己搓的小玩意放在这里，labtalk脚本里%Y调用 小玩具 raw_data 操作表格示例，把荧光仪测试的数据删掉前12行，第一列注释，第二列X，后续每隔两列删一列： import PyOrigin as po # 获取当前活动工作表 wks = po.ActiveLayer() # 获取工作表的列数 num_colu...

在计算光化学中，优化分子的激发态几何结构是理解光化学反应机理的关键步骤。然而，这个看似简单的任务实际上充满挑战。想象一下这样的场景：想要优化某个分子的S2，但在优化过程中，随着分子几何构型的变化，原本的S2态可能会变成S1，甚至S3。如果不加以追踪，优化算法很容易丢失目标，最终得到的不是你想要的那个电子态的最小值，而是另一个完全不同性质的态。这就是激发态追踪（state tracking）要...

前言 笔者初学计算时常常觉得，量子化学计算的步骤实在太多：前一个任务跑完，要取结构、改输入、交下一个任务，最后还得挨个翻日志、做后处理。有没有办法写一个脚本，把整套流程一次做完？后来，笔者借助 AI 完成了一个简单的工作流脚本，用来自动做结构优化、激发态优化和高精度单点，第一次体会到了自动化的甜头，从此便在这条路上一去不返。 不过，工作流脚本很快遇到了瓶颈。任务只要稍微一变，脚本就得大改...

已在公社发帖介绍，那里写的比较详细 Multiwfn以其强大的波函数分析功能而闻名。然而，数字交互的运行方式使得其输入文件可能较为难读。比如，笔者想导出前线轨道，则需要这一串抽象的数字作为输入： 200 3 h 2 3 l 2 0 q 虽然可以存为模板等待调用，但而假若下次想微调一些流程，就不能像QM计算的输入文件那样给opt加个calcfc这种方式来实现，这是笔者一直以来比较想解决的问...

理论背景 量子化学的核心目标是求解分子的薛定谔方程: [\hat{H}\psi = E\psi] 对于一个包含 $N(N>1)$ 个电子的分子，哈密顿算符 $\hat{H}$ 包含电子动能、电子-核吸引能、电子-电子排斥能。但这个多体问题太复杂，无法精确求解。 Hartree-Fock方法 为避免直接求解多电子波函数，一个经典的思路是Hartree-Fock方法。HF的核心思想是...

理论背景 对于一个普通化学反应，过渡态理论 (Transition State Theory, TST)提供了一个强大的框架来理解其反应速率： [k_{TST} = \frac{k_B T}{h} e^{-\Delta G^\ddagger / k_B T}] TST的核心思想是反应物需要沿着一个或多个反应坐标，越过一个能量最高点——过渡态 (Transition State, TS)，...

准备入门CDFT，先把NWChem编译一下。 mpi3.1.3 从官网下载openmpi-3.1.3，解压： tar -zvxf openmpi-3.1.3.tar.gz 进入目录，运行configure并安装： ./configure prefix=~/.local/share/mpi3.1.3 make all install -j mpi的编译是很慢的，所以笔者喜欢编译一个版本之...

最近一个过渡态找麻了，体系大算得慢，还偶尔会藏个无垒的，此时想到了sobereva老师的高斯external脚本，于是拿来用了一下，非常好用，特此记录。 接口文档 后续可能考虑把atb2弄进来，这样就能算激发态优化了，所以大概记一下接口的使用方法。 根据说明书，external脚本使用关键词external=’‘实现。默认情况下调用方式为： $Gau_External layer Inp...

截图截累了，研究研究怎么基于chemdoodle.js在blog中渲染chem对象。 配置 基础建设 首先是chemdoodle，把js和css放到对应位置，创建_include/chemdoodle.html: <link rel="stylesheet" href="/assets/css/ChemDoodleWeb.css" type="text/css"> <lin...

本文于June 25, 2026被发表于JCTC的GPU Accelerated Minimal Auxiliary Basis Approach TDDFT for Large Organic Molecules一文引用，感谢周泽浩老师！周老师的TDDFT-ris是一个非常优秀的大体系激发态算法，可以利用GPU加速做到10万原子的TDDFT计算，且可以进行波函数分析。很厉害的工作，读者若有...