由于ledock不能用于非蛋白质受体的对接，有时候还是要捡起来AutoDock的。笔者并没有人带，只好使用UI界面避免把参数搞错。 结构来源 在RCSB PDB或其他PDB数据库获取蛋白质数据。搜索时需要搜索全称，选择structure来找到想要的蛋白质的结构。下载蛋白质的PDB文件，使用PyMOL打开，检查是否有水和配体，进行移除： remove solvent remove orga...

新电脑不到半年，分了200个G的C盘又快炸了，下次得再给C盘多分点。用SpaceSniffer扫了一下，发现了几个罪魁祸首，记录一下清理过程备用。 Edge Edge有3gb的用户数据存在C盘的~\AppData\Local\Microsoft\Edge，一个浏览器存这么多玩意也不知道要搞什么。打算丢到D盘。 在D盘新建一个数据目录，如D:\UserData\EdgeData ...

手动画结构画烦了，摸会鱼。笔者是个懒狗，信奉为了偷五分钟的懒值得花上半个小时去琢磨，于是就开始搜偷懒办法。发现某商业化软件有这个功能，但一是要登陆，二是芘事多，笔者不喜欢。随后又发现了一个开源项目，拉下来之后发现还挺好用的，于是拿来玩一玩。 项目地址：molOCR 部署后端 按照说明书，该项目需要修改版的chembl_beaker作为后端，所以先装这个。由于作者提供的部署方案是docke...

deepseek R1火了，而且开源，跟个风拉个本地模型玩玩。 本地部署大模型 开源大模型的获取途径其实挺多的，但为了方便，这里使用ollama来管理大模型。 大模型有一个比较重要的指标是参数数量，比如deepseek-r1就有1.5b、7b、8b、14b、32b、70b和671b这些版本的，b表示billion，671b就是6710亿参数，换算过来显存得4、500个gb才能跑动，本地部...

MECI点是光化学反应中关键的结构，然而S0与S1的CI点由于存在绝热近似失效的问题，难以使用TD-DFT来描述，常常用多参考方法来计算。 CASSCF (Gaussian) 搜索S0/S1交叉点时CAS选项需要写上nroot=2。使用opt=conical时将自动取态平均，因此末尾需要写权重。 %chk=cas.chk #p CAS(2,2,nroot=2)/cc-pvdz opt=con...

tips：荧光探针的机理很杂很碎，而错误解读又很多，难以分辨。本文记录一下笔者学习过程中对各种基本原理的总结，内容仅供参考，未必完全正确，会随笔者学习理解过程随时更新。如果读者发现任何地方与已有认识不符，不要怀疑，一定是笔者理解有误，请务必在评论区指出！ 在PartA中，笔者引入了势能面来辅助理解Jablonski图。限于篇幅，笔者把从荧光机理过渡到荧光探针机理的部分放在了PartB。 ...

Gaussian gaussian只支持笛卡尔坐标系下的计算，此时若体系激发时存在基团旋转，算出的重组能会无比巨大，甚至远超激发能，顺带着也把Huang-Rhys因子弄得很大。输入文件： %oldchk=final.chk #p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht) initial=source=chk final=source=chk spec...

tips：荧光探针的机理很杂很碎，而错误解读又很多，难以分辨。本文记录一下笔者学习过程中对各种基本原理的总结，内容仅供参考，未必完全正确，会随笔者学习理解过程随时更新。如果读者发现任何地方与已有认识不符，不要怀疑，一定是笔者理解有误，请务必在评论区指出！ 荧光过程可以用经典的Jablonski图来表示。简单来讲，基态分子可以吸收一个光子跃迁到激发态，随后通过快速内转换和振动弛豫回到第一激...

笔者是初学者，理解可能有误，以下内容请慎重相信。 1 Hartree-Fock方法 (HF) Hartree-Fock方法是一种多电子近似方法，核心思想是将复杂的多电子波函数转化为简单的单电子问题，并通过自洽场方法迭代求解波函数和能量。 a. 独立粒子近似 假设电子运动是独立的，即每个电子在其余电子生成的平均场中运动。这样多电子波函数可近似为由一组单电子波函数的线性组合构成，用Slater...

做多参考计算时，活性空间的确定是个麻烦的问题，涉及很多经验性的内容。MOKIT是一个辅助多参考计算的程序，可以通过gvb计算来自动确定活性空间，一定程度上解决了上述问题。 然而，笔者首先在安装时就遇到了问题。MOKIT做gvb计算默认调用GAMESS，做CASSCF计算默认调用pyscf，而这两个程序集群并没有提供，需要手动安装。尤其是GAMESS还要本地编译，这对集群老旧的系统来说就很麻烦...