虽然右键终端-vmd只需要两步，但是我懒得输入VMD😸 win+r输入REGEDIT打开注册表，导航到计算机\HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell 右键点击shell，选择新建 → 项，命名为OpenVMD; 在OpenVMD项中，双击(默认)值，输入在此处打开VMD; 在OpenVMD项下右键，新建项命名为 comma...

集群上装的module起初用不习惯，后面越用越顺手；现在用上自己的机子没有module居然有点不适应了。那就开整！ Linux版本：Rocky 8.10 安装 # 安装Lua依赖包 sudo dnf config-manager --enable powertools sudo dnf install lua-filesystem lua-posix # 安装Lmod sudo dnf...

记录下使用Gaussian与Multiwfn如何做激发态分析。 打个广告，banewfn可以轻松完成激发态的波函数分析，宣传视频： 注意：理论部分内容是一位初学者的思考，未必完全正确，会随笔者学习理解过程随时更新。如果读者发现任何地方与已有认识不符，不要怀疑，一定是笔者理解有误，请务必在评论区指出！ 目录 目录 1. 前线轨道(Frontier Molecul...

Gaussian HF/KS轨道 自然轨道 post-HF/MCSCF CIS/TDDFT 其他轨道 自然跃迁轨道 ORCA HF/KS轨道 ...

本地内网部署 创建yml文件： services: gitea: image: gitea/gitea:latest container_name: gitea environment: - USER_UID=1000 - USER_GID=1000 restart: always ports: - "3000:...

管局审核终于过了，开始折腾我的服务器 DNS解析 在域名解析种添加记录，一个www起头，一个@起头，解析到云服务器公网IP Nginx 1. 安装 Nginx # Ubuntu/Debian sudo apt update sudo apt install nginx # CentOS/RHEL sudo yum install nginx # 或 dnf install nginx...

以下内容完全由Claude3.5生成，我大概看了一下使用方面说的没错(但是吹的牛逼一句都别信) 在计算化学公社写了个简介，这个纯手工，有兴趣可以看一下。 BaneTop BaneTop 是一个命令行工具，利用sobtop产生力场参数的功能，产生能用于 Gaussian 分子力学 (MM) 计算相关的输入，方便进行ONIOM计算。 下载和安装 GitHub：release 运行环境...

记录首次成功的动力学模拟，用的是随便找的BODIPY。 程序安装 暂时conda install -c conda-forge gromacs=2024.5，等编译了再说 从sobtop开始 多数教程都是用的gromacs本身的工具，但由于BODIPY里面氟和硼的存在，力场参数大寄，所以笔者首先琢磨sobtop产生输入的方式。 Step0：准备工作 如果模拟的是CHNO等常见原子，可以...

UFF 最省事的一集 # opt oniom(hf/3-21g:uff) geom=connectivity Title Card Required 0 1 0 1 0 1 C-C_3 0 0.26396373 -0.76918113 1.35914510 L S-S_3+2 0 0.26396373 0.42288...

输入文件结构 $new_job类似于Gaussian的–link1–，使用%base "job1"来重定向输出文件名称 使用#开启注释，另一个#关闭注释继续输入。 TolE=1e-5; #Energy conv.# TolMaxP=1e-6; #Density conv.# 几何结构从文件末尾如下格式的块读取： ``` Cr...