Study note：使用LeDock(Linux)进行批量对接
分子对接是一种计算生物学技术，用于预测两个或多个分子（通常是蛋白质和配体或小分子药物）之间的相互作用方式。流行的分子对接软件有Autodock、Autodock vina、Discovery Studio、glide、rDock、GOLD、LeDock等。笔者是从Autodock入手的，结合ADT的UI界面大致学习了一下如何进行分子对接。起初对接CHNO的有机分子还挺顺利，但开始自己的课题后...
纯白纱陵
Study note：弱相互作用的分析
1. 分析方法 NCI分析：JACS,132,6498-6506.一文中提出的可视化研究弱相互作用的方法，又称为RDG方法，需要使用波函数信息进行分析。 IRI分析：Chemistry-Methods,2021,1,231.提出的分析方法，比NCI的优点是可以同时展现弱相互作用和化学键。 IGMH分析：J.Comput.Chem.,2022,43(8),539.提出的将化学体系...
估计氢键键能方法
1. 使用复合物能量减去单体能量 适用于分子间氢键，分子内则无法简单相减。计算级别可以选择CCSD(T)等高精度方法。 2. 基于键临界点的电子密度ρBCP估计内氢键键能 Reference: sobereva老师的博文 Atoms-in-molecules (AIM)理论利用氢键的键临界点(BCP)位置的属性考察氢键特征。J. Comput. Chem., 40, 2868 (2019)...
helloworld
helloworld SMILES: [O-]C(C1=C2)=C3C(C=C4C(C=CC5=C4C=C6C(C=C7C(C=C8C(C=CC9=C8C=C%10C%11=C9)=C7)=C6)=C5)=C3)=CC1=CC%12=C2C=CC(C%12=CC%13=CC%14=C%15)=CC%13=C...