根据sob老师的博文衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算，计算芳香性的方法有很多种。笔者最近因为课题需要把大大小小的方法基本都实测了一遍，在此记录一下几个笔者发现的比较靠谱的方法。文中计算均以芴正离子为例。 一维NICS曲线 按照使用Multiwfn绘制一维NICS曲线并通过积分衡量芳香性操作： 25 //离域化和芳香性分析 13 //一维NICS扫描和积分 2 /...

笔者虽然写过一堆时尚小垃圾，还写了像模像样的README文档，但实际上笔者只是借Claude3.5狐假虎威，自己基本不会啥代码。所以，这篇Note是为我自己梳理docker的结构，以便于更好地作为甲方向Claude提要求用的，里面记录的东西对各位读者大能来说估计没什么用😸看个乐子吧。 Docker简介 Docker是一个开源的容器化平台，让开发者能够将应用程序及其依赖项打包到一个可移植的容...

因为python启动有点慢，有些非常常用又简单的小工具笔者实在想转成C++的，于是不得不学习如何编译这些库。 OpenBabel 官网给出的下载链接直通2.4.0源码，令人忍俊不禁。真正的源码要在github上搞到，目前的发行版是3.1.1，下载下来之后解压： tar -jxvf openbabel-3.1.1-source.tar.bz2 创建build文件夹，运行cmake： cd ...

由于ledock不能用于非蛋白质受体的对接，有时候还是要捡起来AutoDock的。笔者并没有人带，只好使用UI界面避免把参数搞错。 结构来源 在RCSB PDB或其他PDB数据库获取蛋白质数据。搜索时需要搜索全称，选择structure来找到想要的蛋白质的结构。下载蛋白质的PDB文件，使用PyMOL打开，检查是否有水和配体，进行移除： remove solvent remove orga...

新电脑不到半年，分了200个G的C盘又快炸了，下次得再给C盘多分点。用SpaceSniffer扫了一下，发现了几个罪魁祸首，记录一下清理过程备用。 Edge Edge有3gb的用户数据存在C盘的~\AppData\Local\Microsoft\Edge，一个浏览器存这么多玩意也不知道要搞什么。打算丢到D盘。 在D盘新建一个数据目录，如D:\UserData\EdgeData ...

手动画结构画烦了，摸会鱼。笔者是个懒狗，信奉为了偷五分钟的懒值得花上半个小时去琢磨，于是就开始搜偷懒办法。发现某商业化软件有这个功能，但一是要登陆，二是芘事多，笔者不喜欢。随后又发现了一个开源项目，拉下来之后发现还挺好用的，于是拿来玩一玩。 项目地址：molOCR 部署后端 按照说明书，该项目需要修改版的chembl_beaker作为后端，所以先装这个。由于作者提供的部署方案是docke...

deepseek R1火了，而且开源，跟个风拉个本地模型玩玩。 本地部署大模型 开源大模型的获取途径其实挺多的，但为了方便，这里使用ollama来管理大模型。 大模型有一个比较重要的指标是参数数量，比如deepseek-r1就有1.5b、7b、8b、14b、32b、70b和671b这些版本的，b表示billion，671b就是6710亿参数，换算过来显存得4、500个gb才能跑动，本地部...

MECI点是光化学反应中关键的结构，然而S0与S1的CI点由于存在绝热近似失效的问题，难以使用TD-DFT来描述，常常用多参考方法来计算。 CASSCF (Gaussian) 搜索S0/S1交叉点时CAS选项需要写上nroot=2。使用opt=conical时将自动取态平均，因此末尾需要写权重。 %chk=cas.chk #p CAS(2,2,nroot=2)/cc-pvdz opt=con...

tips：荧光探针的机理很杂很碎，而错误解读又很多，难以分辨。本文记录一下笔者学习过程中对各种基本原理的总结，内容仅供参考，未必完全正确，会随笔者学习理解过程随时更新。如果读者发现任何地方与已有认识不符，不要怀疑，一定是笔者理解有误，请务必在评论区指出！ 在PartA中，笔者引入了势能面来辅助理解Jablonski图。限于篇幅，笔者把从荧光机理过渡到荧光探针机理的部分放在了PartB。 ...

Gaussian gaussian只支持笛卡尔坐标系下的计算，此时若体系激发时存在基团旋转，算出的重组能会无比巨大，甚至远超激发能，顺带着也把Huang-Rhys因子弄得很大。输入文件： %oldchk=final.chk #p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht) initial=source=chk final=source=chk spec...